投稿用户 • 2022年7月29日 am1:27 • 逾期上岸 • 阅读 61

shuanmen

还记得三月份为大家分享的15分文章，基于纯生信的方法，以为mRNA疫苗开发识别有效抗原为目的，在胰腺癌和胆管癌中进行了大量的分析。不管从临床意义还是生信分析的技巧上，都非常值得学习。今天，同样为大家介绍一篇识别潜在新抗原的文章。虽说目的一样，但却是新的角度。

文章四月份发表在Genome Biology（IF: 10.806）

Aberrant splicing isoforms detected by full-length transcriptome sequencing as transcripts of potential neoantigens in non-small cell lung cancer

通过全长转录组测序检测到的异常剪接同工型作为非小细胞肺癌中潜在新抗原的转录本

一、摘要：

全长cDNA的long-read测序能够检测癌细胞中异常剪接异构体的结构。这些亚型偶尔被翻译，由HLA分子呈现，并被认为是新抗原。本研究使用长读测序仪(MinION)构建了非小细胞肺癌异常剪接异构体的全面目录，通过该目录可以识别新的异构体和潜在的新抗原。

二、材料方法：

22 lung adenocarcinoma cell lines，7 原发性肺癌手术标本，MinION全长测序，RNA-seq，DNA-seq，TALON，siRNA，RT-PCR，RepeatMasker，Motif富集分析，NetMHCpan4.0，LC/MS/MS，肽和蛋白质定量与鉴定，HLA-A24 transgenic小鼠模型，肽疫苗接种与ELISpot，GTEx，TCGA，REVIGO，GSEA。

三、结果：

1.肺癌细胞系的全长转录本亚型分类

图1.细胞系中异常剪接的同工型的识别

2.检测到的同工型的刻画

图2.细胞系中富含同工型的基因的刻画

3.异常剪接同工型的生物学验证

图3.癌细胞转录异常的原因

4.异常转录本作为产生新抗原的潜在模板

图4.来自细胞系中每种同工型或突变类型的新抗原

5.肺癌样本中异常剪接的同工型

图5.临床样品中的肿瘤特异性同工型和新抗原候选物

6.评估临床样品中异常剪接亚型衍生的潜在新抗原

图6.临床样品中新抗原候选物的抗原性的生物学验证

7.从潜在的新抗原候选的角度重新评估TCGA short-read测序数据

图7. TCGA中异常同工型类别的临床相关性

总结：

这篇文章从方法上来看，既费时又费钱，基本都是实验的内容。但是，文章的结果却是非常值得细看的。原因在于，基于文章的结果，我们可以着手自己的生信分析。剪接因子作为癌症治疗靶标，移码突变和异常剪接模式的转录本可以产生抗原肽，剪接相关基因的上调与异常异构体的关系等等关键的结论，都可以作为纯生信的着手点，或者为自己的研究添彩。

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